公元前221年秦滅六國。秦王朝建立后，秦始皇決定采納法家思想家李斯的建議，“禁科學”，“焚詩書”，實行“以法為教，以吏為師”的愚民政策。對廣大勞動人民，特別是農民，實行極端殘暴的統治，這就激起了以陳勝、吳廣為首的農民大起義，強大的秦王朝很快便被推翻了。劉邦利用農民起義的成果，建立起漢王朝。漢初指導政治的是黃老“無為而治”的思想，這種思想要求統治者寬減刑法，減輕賦斂，與民休養生息，這在當時，對社會的穩定和經濟的恢復與發展，是有積極作用的，因此出現了所謂“文景之治”的繁榮景象；到武帝時削平了藩國割據，實現了全國統一，漢朝達到了鼎盛時期。

隨著生產發展和經濟繁榮，漢代的科學文化也有很大發展。如天文學方面，東漢張衡已指出日有光，月無光，推測到月蝕是地球體遮住日光的結果，還創造了不少重要的天文儀器。再如醫學方面，已出現了《黃帝內經》、《難經》、《神農本草經》、《傷寒論》等重要著作，對生命起源、疾病起源、生理解剖、疾病的診斷和治療、藥物的性能和應用，都有重要的發現與發明。科學技術的進步，對漢代哲學思想的發展，起了重要的推動作用。

漢初“無為而治”思想，在秦亡后的一個時期內是適用的，但是隨著經濟和政治條件的變化，階級矛盾和統治階級內部矛盾的發展，它就不再適合統治者的需要了。經過一階段對歷史上各種學說的研究和比較，到董仲舒時就明確提出“文武并用”的主張。他把孔子神圣化，把孔子學說神學化，同時又吸收了法家、陰陽家等各家思想中對封建統治者有用的部分，從而構成了一套完整系統的神學目的論。這種理論把宇宙間的一切都說成是上天有目的地創造的。它用“天人感應”論和神秘化了的陰陽五行論，來論證君權神授和三綱五常，即封建等級制度和道德秩序。它對人民既不主張專靠武力鎮壓，也不主張“無為而治”，而主張德刑并用，以德治教化為主，這套理論對漢王朝的專制統治是非常有利的。

西漢末年，反動統治階級為進一步欺騙人民和維護地主階級的統治，把神學化了的儒學與讖緯迷信密切結合起來，使得儒學更加宗教化和神學化。東漢章帝時，在白虎觀召集五經博士和儒生會議，名義上是討論五經同異，實際上是憑借皇帝的權勢，用讖緯迷信來妄斷經義。最后寫成的《白虎通義》，就是這種讖緯迷信思想的總結與概括。

兩漢時期，董仲舒的神學目的論和讖緯迷信，在社會上占據了統治地位，因此神學目的論與反神學目的論、讖緯迷信與反讖緯迷信，就成為兩漢時期唯物主義與唯心主義斗爭的主要形式。針對唯心主義的神學目的論與讖緯迷信說，以東漢王充為代表的唯物主義者，繼承和發展了先秦唯物主義和無神論傳統，提出了元氣自然論的唯物主義思想體系，從自然觀、認識論、道德觀、人性論和形神問題等方面，對董仲舒的神學目的論和讖緯迷信進行了有力的駁斥。經過漢末農民大起義的武器批判和王充等唯物主義者的理論批判，兩漢時期的神學唯心主義體系開始走向衰微，隨著漢王朝的滅亡也就宣告破產了。